Zwischen den jüngeren Bauteilen der Porta Claudia und den ältesten Bauteilen, besonders dem Fort Sankt Nikolo, besteht ein Verbindungsweg, den wir nun abgehen. Immer wieder sehen wir Mauerreste und Befestigungsüberbleibsel. Das Fort Sankt Nikolo ist auch der am weitesten innerörtlich gelegene Punkt der Porta Claudia, zumindest in der Zeit ihrer größten Ausdehnung im 19. Jahrhundert.
So nahe die Festung war, so fern waren sich aber auch die Menschen. Zwischen Dorfbewohnern und Militärs gab es öfters Animositäten. Dies dokumentiert sich insbesondere in der Frage des Gottesdienstbesuchs. Scharnitz war keine eigene Pfarrgemeinde. Um die Seelsorge kümmerten sich zunächst Priester aus Mittenwald. Doch die politischen Verwerfungen zwischen Tirol und Bayern wirkten sich auch hier aus. Dort, wo sich heute die Pfarrkirche befindet, gab es seit den 1630ern eine kleine Kapelle, die aus Dankbarkeit über die abgewendete Kriegsgefahr erbaut wurde. Eine eigene Ortsseelsorge kümmerte sich um die Bürger und hielt in der Kapelle die Gottesdienste ab.
Als Anfang des 18. Jahrhunderts die nördlichen Anlagen mit dem großen neuen Haupttor der Porta Claudia errichtet wurden, wurde die Ortsseelsorge aufgelassen und die Scharnitzer mussten den Militärgottesdienst besuchen. Für die Dorfbewohner war dies keine gute Entscheidung. Über die Jahre häuften sich Beschwerden über das Verhalten, das den Zivilisten gegenüber entgegen gebracht wurde. Ein besonderes Ärgernis war dabei das Verhalten gegenüber jungen Mädchen und Frauen, die sich vor und nach dem Gottesdienstbesuch von den Männern der Verteidigungsanlage belästigt fühlten.
1786 wird Scharnitz nach zahlreichen Interventionen schließlich wieder eine eigene Kaplanei und bekommt auch zum ersten Mal einen eigenen Pfarrer. Zehn Jahre später wird die Pfarrkirche errichtet. Die Kapelle, die sich dort befunden hatte, war zu klein geworden.