Europa lernt einen neuen Namen fürchten: Napoleon Bonaparte. Frankreich schickt sich an, bald den ganzen Kontinent zu kontrollieren. Als Napoleon1796 von Mantua aus einen Appell an die Tiroler richtet, dass sie seinen Durchmarsch nach Osten nicht behindern sollen, sind diese alarmiert.
Die Tiroler verstehen die Botschaft Napoleons als arrogante und provokative Drohung: Sollten sie Frankreich Widerstand leisten und den französischen Feldherrn am Durchmarsch Richtung Osten hindern, werde auch Tirol angegriffen. Sie tragen dem Willen Napoleons nicht Rechnung. Wenn die Franzosen von Süden nach Tirol vorstoßen, gibt es Krieg.
Die Tiroler organisieren sich und machen sich auch daran, ihre Grenzbefestigungen in Ordnung zu bringen. Hier rächt sich jedoch die Politik von Joseph II. Tirol ist gezwungen, Festungsanlagen vom Haus Habsburg zurückzukaufen –darunter die Festung Scharnitz und die Leutascher Schanze. Aufwendig werden beide in Stand gesetzt. Neubauten und Erweiterung kosten rund 163.000 Gulden. Die zunehmende Gefahr, dass der Krieg bis nach Scharnitz kommt, lässt die Porta Claudia zum größten Umfang ihrer Geschichte anwachsen. So fühlt man sich im Norden Tirols bereit, einen Angriff abwehren zu können.
Im Frühling 1800 überqueren die Franzosen unter General Lecourbe über die Schweiz den Rhein und drängen die österreichischen Truppen in den Ammergau, nach Ettal und Mittenwald, zurück. Daraufhin wird das Hauptverpflegungsamt des kaiserlichen Heeres in Seefeld eingerichtet. Um den Österreichern bei ihrem Rückzug Deckung geben zu können, versetzen die Tiroler die Leutascher Schanze und die Festung Scharnitz in Alarmbereitschaft. Am 17. Mai erwarten hier 435 Männer die kaiserlichen Truppen unter General Kray. Drei Tage darauf kommen über Garmisch und Partenkirchen auch Slavonier und Kanoniere nach Mittenwald. Mit diesem allgemeinen Rückzug versammeln sich bis Ende Mai insgesamt 2.300 Soldaten in Scharnitz. Aber die Franzosen verfolgen sie nicht, sie sind andernorts in Kämpfe verwickelt.
Im Herbst scheint der Angriff auf Scharnitz allerdings unmittelbar bevorstehen. Die französischen Strategen stellen 6.000 Soldaten zum Sturm der Festung auf. Doch wieder verhindern Gefechte an anderen Fronten den Ansturm. Frankreich wie Österreich konzentrieren ihre Kräfte dort. Die Schlacht von Hohenlinden am 3. Dezember bringt die Entscheidung. Sie kostet 12.000 Österreichern das Leben. Damit ist die kaiserliche Armee vernichtend geschlagen und muss kapitulieren.
Noch im selben Monat schließen Frankreich und Österreich einen Waffenstillstand, der Tirol de facto unter französische Besatzung stellt. Im Jänner 1801 rücken französische Militärs in Scharnitz ein. Beeindruckt von der Verteidigungsfestung lassen die Offiziere Lagepläne der Wehranlage anfertigen und Baupläne abzeichnen. Lange bleiben die Franzosen aber nicht. Nach dem Friedensschluss von Lunéville müssen sich sowohl sie als auch die österreichischen Truppen komplett aus Tirol zurückziehen: Am 12. April 1801 verlassen die Franzosen Scharnitz.
Eineinhalb Jahre später brechen neuerlich Kämpfe zwischen Österreich und Frankreich aus. Wieder wird Bayern zum Schlachtfeld. Tirol bleibt davon zwei Jahre verschont, ehe bei erneuten Kämpfen im Herbst 1805 der Frontverlauf bis an seine Grenze rückt und der Krieg nach Mittenwald und Scharnitz zurückkehrt.