Die vierte Bergisel-Schlacht am 1. November 1809 verlieren die Tiroler. Das Land kommt unter französisch-bayerische Besetzung und wird vollständig unterworfen. Die letzten Grenzverteidigungsanlagen müssen die Tiroler räumen. Was noch an Mauern und Befestigungen übrig ist, wird geschliffen. Die Leutascher Schanze und die Porta Claudia haben damit ihr letztes Kapitel als Verteidigungsanlagen hinter sich gebracht.
Tirol bleibt über Jahre besetzt. Nach einer Niederlage Napoleons 1812 wechseln die Bayern auf die Seite Österreichs. Im August 1813 eröffnen die Verbündeten einen weiteren Krieg gegen Napoleon. Am 3. Juni 1814 wird Tirol wieder mit Österreich vereint.
Das Ende der bayerischen Besatzung in Tirol ermöglicht, dass im 19. Jahrhundert in beiden Ländern ein neues Kapitel aufgeschlagen wird, jenes der guten Nachbarschaft. Doch gerade in Grenzregionen wie hier im Werdenfelser Land oder auf dem Seefelder Plateau haben die historischen Ereignisse Wunden geschlagen, die erst über Generationen verheilen werden.
Nach der endgültigen Niederlage Napoleons 1815 wollen die europäischen Mächte die Ordnung auf dem Kontinent wiederherstellen. Sie schaffen neue Staaten, kehren aber auch zu alten Grenzen zurück. Das Königreich Bayern bildet fortan mit den anderen deutschen Staaten den Deutschen Bund. Drei deutsche Einigungskriege führen schließlich 1871 zur Gründung des Deutschen Reiches, zu dem als Bundesstaat auch Bayern gehört. Das Königreich behält jedoch zahlreiche Kompetenzen in eigener Verantwortung.
Für Tirol ist im 19. Jahrhundert das Jahr 1804 von wesentlicher Bedeutung. Mit Vorarlberg wird es zum Kronland des Kaisertums Österreich. Wegen der französisch-bayerischen Besetzung verschwindet diese „Gefürstete Grafschaft Tirol mit dem Lande Vorarlberg“ zwar bereits nach einem Jahr von der Landkarte. Mit dem Ende der Napoleonischen Herrschaft 1814 wird sie jedoch auf der rechtlichen Grundlage von 1804 wiederhergestellt. 1861 wird Vorarlberg schließlich ein eigenes Kronland.
Nach der bürgerlichen Revolution 1848/49 hat der Kaiser verschiedene staatspolitische Reformen und Verfassungsänderungen umsetzen müssen. 1867 entsteht mit dem so genannten politischen Ausgleich aus dem Kaisertum Österreich und dem Königreich Ungarn die Doppelmonarchie. Tirol bleibt Teil der österreichischen Reichshälfte, der so genannten Königreichen und Ländern.
Im Jahr 1879 schließen Österreich-Ungarn und das Deutsche Reich ein Verteidigungsbündnis, den „Zweibund“. Als Bündnispartner spielen die Grenzen zwischen den beiden Staaten militärisch keine Rolle mehr. Anders als im Zweiten Weltkrieg wird im Ersten Weltkrieg 1914 bis 1918 die bayerisch-tirolerische Grenze deshalb auch nie zur Front.