Noch vor der Machtergreifung Napoleons 1799 bilden die Gegner Frankreichs die zweite Koalition. Der nächste Krieg hat sich bereits im Dezember 1798 angekündigt. Es kommt zu Kämpfen in der Schweiz.
Im März 1799 fällt Finstermünz, und französische Truppen dringen in das Inntal vor. Dank der Tiroler Gegenwehr müssen sie sich aber wieder ins Engadin zurückziehen. Im Jahr darauf überqueren die Franzosen den Rhein und besetzen in einer ersten Angriffswelle München. In einer zweiten sollen sie die aufmarschierenden Österreicher zurückschlagen.
Diesen Angriff im Frühling 1800 führt auf französischer Seite General Lecourbe an. Er drängt die österreichischen Truppen zunächst in den Ammergau, nach Ettal und Mittenwald, zurück. Daraufhin wird das Hauptverpflegungsamt des kaiserlichen Heeres in Seefeld eingerichtet. Um den Österreichern bei ihrem Rückzug Deckung geben zu können, versetzen die Tiroler die Leutascher Schanze und die Festung Scharnitz in Alarmbereitschaft. Am 17. Mai erwarten hier 435 Männer die kaiserlichen Truppen unter General Kray. Drei Tage darauf kommen über Garmisch und Partenkirchen auch Slavonier und Kanoniere nach Mittenwald. Mit diesem allgemeinen Rückzug versammeln sich bis Ende Mai insgesamt 2.300 Soldaten in Scharnitz.
Die Französen führen ihre Offensive gegen Tirol aber zunächst im Außerfern. Im Juni gelingt es den dortigen Schützen und österreichischen Truppen, sie an der Ehrenberger Schanze bei Reutte abzuwehren. Der Sieg Napoleons über die Österreicher in Norditalien erzwingt Mitte Juni jedoch einen Waffenstillstand. Die Festung Ehrenberg muss an die Franzosen übergeben werden. Ihre Offensive gegen das Inntal und auch Richtung Scharnitz, die ihre Truppen bereits bis Oberammergau und Farchant gebracht hat, ist kurzzeitig gestoppt.
Doch der ausgehandelte Waffenstillstand ist zeitlich befristet. Mit seinem Ablauf im September setzen sich die Franzosen wieder in Bewegung und marschieren über das Eschenlainetal auf Mittenwald zu. Es scheint, als stehe nun der Angriff auf Scharnitz unmittelbar bevor. Die französischen Strategen stellen 6.000 Soldaten zum Sturm der Festung auf. Doch wieder verhindern Gefechte an anderen Fronten die Attacke. Im Dezember konzentrieren Frankreich wie Österreich ihre Kräfte schließlich zwischen Salzburg und Linz. Die Schlacht von Hohenlinden am 3. Dezember 1800 bringt die Entscheidung. Sie kostet 12.000 Österreichern das Leben. Damit ist die kaiserliche Armee vernichtend geschlagen und muss kapitulieren.
Noch im selben Monat schließen Frankreich und Österreich einen Waffenstillstand, der Tirol de facto unter französische Besatzung stellt. Im Jänner 1801 rücken französische Militärs in Scharnitz ein. Beeindruckt von der Verteidigungsfestung lassen die Offiziere Lagepläne von der Wehranlage anfertigen und Baupläne abzeichnen.
Im Februar 1801 unterzeichnen Österreich und Frankreich den Friede von Lunéville. Tirol soll so gut wie entmilitarisiert werden. Sowohl die französischen als auch die österreichischen Truppen müssen sich komplett aus Tirol zurückziehen. Am 12. April verlassen die Franzosen Scharnitz. Lange wird der Friede aber nicht anhalten.