Bis jetzt haben die Tiroler ihre Schlachten gegen die bayerisch-französischen Besatzer zwar gewonnen und sich von ihnen befreit. Am 6. Juli 1809 wird die österreichische Armee jedoch bei Wagram geschlagen. Der Kaiser muss daraufhin dem Frieden von Znaim zustimmen. Dieser hat für Tirol weitreichende Konsequenzen: Trotz der eigenen Siege fällt es zurück an Bayern. Wieder einmal ziehen sämtliche österreichische Truppen ab, in Tirol marschiert General François-Joseph Lefebvre als neuer Befehlshaber von 50.000 bayerischen und französischen Soldaten ein. Bei Scharnitz kommen Truppen unter dem Kommando von General Beaumont über die Grenze. Napoleon will an Tirol ein Exempel statuieren und weist General Lefebvre an, mit aller Härte und Brutalität gegen die Aufständischen vorzugehen. Bis 10. August 1809 sollen alle Anführer der Rebellion ihre Waffen abgegeben und sich ausgeliefert haben.
Doch die Härte der Besatzer ficht den Widerstandsgeist in Tirol neuerlich an. Schützen und der Landsturm kämpfen weiter gegen die Besatzer. In der dritten Bergisel-Schlacht am 13. August besiegen sie die Heere Lefebvres und schlagen sie in die Flucht. Die Tiroler besetzen daraufhin alle Grenzpässe, darunter auch den Übergang in Scharnitz, und befestigten sie aufs Neue.
Allerdings sammeln sich die Franzosen in Bayern neu und kehren drei Tage später mit 50.000 Männern zurück. Von allen Seiten stoßen sie nach Tirol vor. Am 26. Oktober überrumpeln sie die Scharnitzer Befestigungen. Die Dorfbevölkerung sucht noch während der Gefechte das Weite und zieht in die Karwendeltäler. Was in Scharnitz bis dahin noch nicht zerstört oder geplündert worden ist, fällt den Franzosen jetzt zum Opfer. Bis auf 14 stecken sie alle Häuser in Brand. Von den Plünderungen bleibt selbst die Kirche nicht verschont.
Die vierte Bergisel-Schlacht am 1. November 1809 endet mit der Niederlage der Tiroler. Das Land wird nun vollständig unterworfen. Die noch verbliebenen Befestigungsanlagen müssen geräumt werden. Was noch an Mauern und Befestigungen übrig ist, wird geschliffen. Die Leutascher Schanze und die Porta Claudia haben damit ihr letztes Kapitel als Verteidigungsanlagen hinter sich gebracht.
Doch die Geschichte schreitet fort. Nach der Niederlage Napoleons 1812 wechseln die Bayern die Seiten. Im August 1813 eröffnen die Alliierten erneut den Krieg gegen Napoleon. Am 3. Juni 1814 wird Tirol wieder mit Österreich vereint.