Unter der napoleonischen Besatzung sind die Tiroler zunehmenden Repressionen ausgesetzt. Als sie 1809 zum Kriegsdienst in die französische Armee eingezogen werden sollen, ist dies der Tropfen, der das Fass zum Überlaufen bringt. Die Bevölkerung weigert sich, die geforderten 1.000 Männer zu stellen. Immerhin gilt seit dem 16. Jahrhundert, dass Tiroler nur für die Verteidigung ihres eigenen Landes und nicht für fremde Mächte im Ausland kämpfen müssen – garantiert im Landlibell. Hundert bayerische Soldaten sollen nun aber in Axams eine Zwangsrekrutierung erzwingen. Doch es kommt anders: Ein heimlich aufgestellter Landsturm stellt sich den Bayern entgegen, entwaffnet sie und nimmt sie gefangen.
Daraufhin erheben sich die Tiroler in allen Landesteilen. Bayern ist nicht stark genug, um die Ordnung allerorts aufrechtzuerhalten. Da Napoleon die französischen Truppen gegen Österreich verlegt hat, schlagen bayerische Soldaten unter französischem Generalkommando die Aufstände nieder. Als die Franzosen im April Kämpfe gegen Österreich eröffnen, setzen die Tiroler zum systematischen Widerstand gegen die Besatzung an.
Am 11. April 1809 besetzen Unterinntaler Schützen unter Josef Speckbacher Volders, tags darauf erobern die Oberinntaler Schützen unter Major Martin Teimer die Innbrücke und nehmen die bayerischen Besatzer in Innsbruck gefangen, einen Tag später besetzen Andreas Hofers Leute Bozen. Die Schützenkompanien befreien Tirol aus der Besatzung, und nun rückt auch die österreichische Armee wieder in Tirol ein. Sie zieht Richtung Trient weiter, um die Franzosen dort zu vertreiben. Das gelingt am 26. April.
Im Zuge des Aufstandes hat sich auch in Scharnitz eine Truppe Landstürmer gegen die Besatzungskräfte erhoben. Die Tiroler haben 787 Infanteristen und 140 Männer der Kavallerie unter dem Kommando des bayerischen Brigadiers Max Graf Arco mit voller Wucht angegriffen und sie zum Rückzug bis nach Murnau gezwungen. Seit 7. April sind die Überreste der Porta Claudia wieder im Besitz Tirols.
Scharnitz soll rasch wieder in den Verteidigungszustand versetzt, die zerstörte Porta Claudia so gut es geht hergerichtet und neu befestigt werden. Was repariert werden kann, wird repariert. Am 16. April rückt Major Teimer mit österreichischen Soldaten und den Schützen gegen Mittenwald vor. Graf Arco hat mittlerweile allerdings Verstärkung bekommen. So stoßen Teimers Truppen auf den Widerstand des bayerisch-französischen Heers und werden zurückgeschlagen. Die improvisierten Verteidigungsanlagen in Scharnitz können nicht standhalten und müssen neuerlich aufgeben werden.
Doch jetzt erhält auch Teimer Unterstützung. Eine Innsbrucker Studentenkompanie unter der Führung von Professor Hauptmann Merso schließt sich den Bedrängten an. Sie gehen in die Offensive und schlagen die bayerisch-französischen Truppen zurück. So kann Scharnitz fürs Erste wieder eingenommen werden.
Derweil ist Napoleon gegen Osten gezogen. Am 13. Mai marschiert er in Wien ein und besetzt Österreich. Drei bayerische Divisionen wenden sich daraufhin wieder gegen Tirol. Am 19. Mai ziehen die Truppen unter General François-Joseph Lefebvre in Innsbruck ein. Auch in Mittenwald sammeln sich die Bayern und versuchen Ende Mai, die Überreste der Porta Claudia wieder einzunehmen. Halb Scharnitz geht während der Kämpfe in Flammen auf. Doch diesmal gelingt den Gegnern die Übernahme der zerstörten Festung nicht. Am selben Tag verlieren die Bayern auch die zweite Bergisel-Schlacht und müssen wieder aus Innsbruck abziehen.